Хронология событий.

Начло начал - научная база «Черная месса» здесь все и началось. Ученые решили провести эксперимент в лаборатории Аномальных Материалов в секторе С. Тогда еще начинающий доктор Гордон, помещает в образец в установку, в результате вызывает явление, которому потом дают название - каскадный резонанс. Но что-то пошло не так, и в результате мы имеем ряд катастрофических последствий: часть комплекса разрушено, внешняя и внутренняя связь выходит из строя и что самое страшное открывается мост между нашим миром и параллельным измерением Зен. Зен - это некая среда обитания, имеющая островное строение, с населяющими ее многочисленными насекомоподобными и червеобразными тварями, которые с превеликим удовольствием полезли в наш мир.

Единственные существа, наделенные интеллектом раса Ворт, у которых есть третья рука в области груди. Так вот лидер этих туземцев - Нихиланх и пытаться к нам попасть. Финальной задачей Гордона будет ссадить зайца с поезда. Параллельно с червяками вам будет противостоять отряд (хотя нет целая армия) бойцов подразделения по борьбе с взбесившимися особями окружающей среды (HECU). Вооруженные танками и вертолетами бойцы не справляются со своей задачей, и под натиском нового десанта кузнечиков (раса х) улетают. Их сменяют более жесткие парни, которые должны зачистить весь район включая Фримена и его приспешников. К сожалению, а может к радости, удача отворачиваться и от этого спецотряда (Black-Оps). И по решению командования было принят единственный правильный выход – разнести все к чертям при помощи ядерных боеголовок. В итоге часть комплекса разнесли зарядами, несколько ученных помогающих Фримену эвакуировались (помните Илая Вэнса), Фримен телепортируется в Зен и крошит своей монтировкой главную страшилу.

Да, забыл все бы хорошо и понятно, но время от времени в Кадре появляется Ж-мужик, этот агент (ну очень похож на Смита) постоянно влезает во все дела доктора, видимо чем приглянувшийся главный персонаж заинтересовал его, и теперь при помощи его он хочет достичь некой цели. В конце инцидента он забирает Гордона с места битвы в вагончик, где заключает с доктором договор о взаимовыручке для борьбы против армии захватчиков, доктор соглашается и Джи-мен переносит его в стазис (некая аномалия временного поля).

Начало второй части начинается с пробуждения нашего невезучего лаборанта в вагоне поезда и ничего, не говоря, Смит исчезает, оставляя его один на один с приближающимся мегаполисом Сити 17 и непонятными «великим делами».